J'ai constaté à plusieurs reprise qu'il était préférable de faire un formatage de la DOM (application area) avant l'install d'une nouvelle release, surtout si tu 'sautes' plusieurs versions
Comme les développeurs ne semblent jamais préciser si c'est nécessaire, avec telle ou telle release, je le fais systématiquement
Bien entendu, dans ce cas tu perds tes réglages : faut repartir de 0
Autre point, vérifie aussi que tu as bien un password configuré pour root, sinon FTP ne veut pas se connecter